대웅제약은  보툴리눔톡신 논란과 관련, "그동안 메디톡스의 보툴리눔톡신 균주 출처와 관련해 근거 없는 허위사실 유포와 음해에 대해 국내 의약품시장 위축과 해외 허가 승인 등을 고려해 공식적인 대응을 자제해 왔지만, 현재 그 수위가 지나치다고 판단해 향후 법적 대응을 비롯한 모든 수단을 동원해 강경하게 대처할 것"이라고 4일 밝혔다.

또 "메디톡스의 경쟁 제품들과 관련한 근거 없는 주장에 대해 오히려 메디톡스 균주 출처에 심각한 문제가 있다"고 지적했다.

이와 관련, 대웅제약은 "균주의 기원과 관련된 자료도 제출하고 실사도 완료하여 정부의 허가를 받았지만, 언론 보도에 따르면 메디톡스 균주 출처는 미국 위스콘신대학에서 균주를 이사짐에 몰래 싸서 가지고 왔다고 주장한 것이 전부로,  만약 이것이 사실이라면 메디톡스의 균주는 남의 것을 몰래 밀반입한 균주로서 소유권을 주장할 수 있는 권리의 원천이 있을 리 만무하다는 것"이라고 지적했다.
 
또 " 관련 전문가에 따르면, 보툴리눔톡신 균은 생물테러의 목적으로 이용되거나 사고 등에 의해 외부로 유출될 경우 국민건강에 심각한 위험을 초래할 수 있어 고위험병원체로 지정되어 있으며, 생물무기 금지협약에 따라 국가간 운송이 금지되어 있고, 국가 내 이동 시에도 이동 계획 등을 반드시 신고해야 하기 때문에 메디톡스의 보툴리눔톡신 균주를 국가기관의 허가 없이 신고나 승인 과정을 거치지 않고 불법적으로 반입했다는 사실 그 자체만으로도 충격적이며, 국민 안전에 심각한 위험을 초래할 수 있는 사실"이라고 주장했다.  
 
더불어 "메디톡스 균주는 위스콘신으로부터 밀반입했다는 주장만 있지 이에 대한 명확한 근거자료도 제시한 적이 없고, 위스콘신대학 보유 균주라해도 그 종류가 매우 다양하기 때문에 그 중 어떤 균주인지 또는 밀반입이 아니라면 정식으로 분양받은 증명서, 계약서 등이 있어야 함에도 불구하고 구체적인 입증을 하지 않는 상황"이라고 지적하고, "대웅제약은 출처에 대한 아무 근거자료도 없는 메디톡스가 어떤 과정을 통해 규제당국으로부터 허가를 받았는지 의문이므로 국민의 안전을 고려해 지금이라도 재심사를 받는 것이 바람직"하다고 강조했다. 
 
대웅제약은 메디톡스가 국익을 위해 균주 출처를 공개하자는 제안에 대해, "대웅제약은 이미 선진국을 포함한 글로벌 허가절차를 진행 중인 상황에서 메디톡스 외에는 전 세계 규제기관을 포함해 어느 누구도 균주의 출처를 문제 삼은 적이 없음에도 불구하고 오직 메디톡스만이 논란을 증폭시키고 있다"며, "이 논란은 자사보다 앞서나가는 경쟁사의 해외 진출을 방해하기 위한 것으로 불순한 의도에 의한 근거 없는 도발은 국가 산업발전에 전혀 도움이 되지 않는다"고 밝혔다. 
 
특히 " 메디톡스는 자연상태 토양에서 균을 발견하는 것이 불가능하다는 등의 자극적인 주장을 해왔지만, 대웅제약은 보툴리눔 균은 자연계 널리 존재하는 토양미생물로 실제 문헌에 보고된 자연상태 토양에서 보툴리눔 균을 분리동정한 사례는 아시아를 포함 전세계에 걸쳐 존재하고 관련 논문도 존재한다"고 반박했다.  

대웅제약 관계자는  “ 나보타는 국내외에서 안전성과 효능입증을 통해 해외 60여개국에서 1조원에 달하는 수출을 체결한 글로벌 의약품으로 성장이 기대되는 품목으로 미국, 유럽에서 임상을 완료하고 허가신청을 앞두고 있다”며, “이런 상황을 고려할 때, 이 모든 무리한 논란 제기는 경쟁사에서 우리의 해외시장 성공을 음해하려는 의도로 밖에 생각하지 않을 수 없다”고 지적했다.

또  “더 이상 경쟁사의 근거 없는 흠집내기로 인해 국내 의약품 시장 혼란과 함께 기업 이미지 실추 및 해외시장 개척에 차질을 빚는 상황이 되어갈 것을 우려해 좌시하지 않고 법적 조치를 적극 검토 중이다”면서 “더 이상 소모적이고 제살 깎아먹기 식의 논란을 중단하고 글로벌에서 품질로 정정당당히 승부하자”고 제안했다.