루트로닉은 현재 주주배정후 실권주 일반공모 유상증자를 진행하는 과정에서 공매도로 인해 회사가 피해를 보고 있으며 불공정거래가 의심돼 한국거래소에 2016년 11월 22일자로 신고를 진행했다고 밝혔다.
 
이와 관련, 루트로닉은 "당사 주식의 대차거래잔고는 평균적으로 50~60만주 수준을 기록했으나, 2016.09.07 하루에만 무려 447,623주(보통주 발행총수의 4.25%)가 증가했다"며 ' 그 당시는 당사가 신한금융투자를 주관회사로 선정하고 유상증자 일정을 최종 조율하던 시점이므로, 미공개정보(유상증자는 2016.09.23에 공시됨)를 이용해 공매도를 준비한 것으로 의심된다"고 주장했다.

또 "2016.11.15부터 공매도가 급증하고 있다. 그 직전 1개월(2016.10.17~2016.11.14)의 가중평균 공매도비중은 2.94%에 불과했으나, 2016.11.15~2016.11.18의 4일간의 가중평균 공매도비중은 30.46%에 달하고 있다. 이는 유상신주의 발행가액을 낮추어 싸게 청약하고자 구주 주가를 인위적으로 낮추려는 것으로, 시세조종행위로 의심된다"며 "공매도와 관련한 불공정 거래가 의심되는 부분에 대한 조사를 한국거래소에 의뢰했다"고 밝혔다.