공단이 생동조작 관련 사건에 대해 93개 제약사에 930억원 이상의 청구 소송을 낸 것과 관련, '불법행위를 원인으로 한 손해배상 청구'건은 고의과실, 인과관계, 손해발생, 손해액의 산정,책임의 제한이 쟁점 사안으로, '부당이득반환청구' 건은 법률상 원인 여부, 반환청구의 대상, 피보전채권, 피대위채권, 무자력 등이 쟁점사안으로 제시됐다.

20일 생동조작 관련 사건 소송에 대해  제약협회에서 제약사들을 대상으로 열린 설명회에서  '고의 과실'과 관련, '시험기관이 자료 조작으로 형사처벌을 받은 사실이 있고 제약회사는 자료조작으로 인해 이익을 얻는 지위에 있었으므로 제약사는 조작사실을 알았거나 알수 있었다'는 공단 측 주장에 대해 제약회사는 '제약회사가 시험기관의 자료 조작에 가담한 사실이 없고 제약회사는 시험결과가 진정하다고 믿는데 정단한 이유가 있다'고 반박하고 있는 것으로 제시됐다. 

'손해액의 산정'도 공단과 제약사는 '사건 의약품들에 대해 원고 및 환자들이 지출한 약제비 전체가 손해에 해당한다'(공단 주장), '이 사건 의약품들의 판매로 인해 원고가 다른 대체의약품에 대해 지출했을 원고의 약제비가 감소했으므로 실제 지출액과 가상 지출액의 차액 상당액만이 손해에 해당한다'(제약회사)로 대립돼 있다.

부당이득반환청구 중   '법률상 원인 여부'에 대해서도  '품목허가 및 요양급여등재가 소급적으로 효력을 상실했기 때문에 약제비 상당액은 법률상 원인이 없다'는 공단측 주장에 대해, 제약사는 '품목허가 취소 및 요양급여목록 삭제는 시행일 이후에 효력이 바생하도록 규정하고 있다. 제약사의 약제비 수령의 법률상 근거는 제약사와 요잉기관 사이의 매개체' 라고 주장하고 있는 상황이다.

한편 이번 6차 소송은 지금까지 생동조작 관련 사건 소송 중 가장 금액이 큰 소송으로, 결과는 올 연말에야 나올 전망이다.