예산안 원안에서 2016년도 보건복지부 소관 총지출 규모는 2015년 예산(53.5조원) 대비 3.9%(2조 927억원↑) 증가한 55조 5,653억, 예산은 2015년 대비 △0.9%(△3,140억원) 감소한 32조 9,160억원, 기금은 2015년 대비 11.9%(2조 4,068억원↑) 증가한 22조 6,493억원으로 산정했다. 

그러나, 본회의에서 통과된 수정안에는 노인의 복지향상을 위해 경로당 냉난방비 및 양곡비 지원 예산을 300억 6,300만원 반영하고, 육아종합지원센터 지원 예산을 40억원 증액, 발달장애인 지원센터 지원 예산을 39억 9,500만원 등이 증액됐다. 

이밖에도 의료기술시험훈련원 구축, 통합의학센터건립지원(중부권통합의학센터건립), 연구중심병원육성(R&D)(아주대병원, 분당차병원) 등이 증액 됐다. 

이에 국회는 예산안 관련 부대의견으로 보건복지부는 지방자치단체의 ‘경로당 냉난방비･양곡비 지원’ 사업과 관련해 2016년에 한해 일반회계 300억 6,300만원을 지원하고, 행정자치부는 지방자치단체의 재정부담 완화를 위해 보건복지부가 지원하는 규모에 해당하는 만큼 해당 지방자치단체에 특별교부세를 지원할 것을 요구했다.

또, 보육교사를 겸하고 있는 가정어린이집 등 소규모 어린이집 원장에게 2015년도 수준에 해당하는 겸직수당(교사겸직원장 지원비)을 2016년에 한해 지원하고, 국민의 비급여 의료비 부담 완화와 의료서비스에 대한 알권리 제고를 위해 비급여 의료비 코드 표준화 및 진료비 세부내역서의 표준화를 등을 강구할 것을 주문했다.