물론 지난 25일 강동경희병원, 아산충무병원 등 타 메르스 관련 병원에도 원격진료를 허용함으로써 "삼성"에 대한 "특혜"냐 하는 논란은 힘을 잃게 되었지만, 이번 원격진료의 허용이 의료인간 원격진료만 허용하고 의사-환자 간에는 대면진료를 원칙으로 하는 현행 법령에 반하는 것이 아닌가 하는 문제는 여전히 남아있다.
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그도 그럴 것이 현 정부가 초기 메르스 대응 과정에서도 정보공개를 꺼리는 등 의료기관의 재산권 보호를 더 중시하는 제스처를 보였기에 이번 원격진료 허용 역시 오로지 '외래 환자의 불편을 덜어주기 위한 순수한 의도'일 것이라는 믿음보다는 '이번에도 삼성 감싸기, 대기업 감싸기를 하는 게 아닌가?'하는 의심을 먼저 하게 되는 것이다.
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보건복지부장관이 원격진료를 허용한 것은 의료법 제59조 지도명령권에 의한 것이다.

의료법 제59조 제1항은 "보건복지부장관 또는 시·도지사는 보건의료정책을 위하여 필요하거나 국민보건에 중대한 위해(危害)가 발생하거나 발생할 우려가 있으면 의료기관이나 의료인에게 필요한 지도와 명령을 할 수 있다."라고 규정하고 있고, 이를 어길 경우 해당 의료기관의 의료업을 1년의 범위에서 정지시키거나 개설허가 취소 또는 의료기관 폐쇄를 할 수 있도록 하고 있다(동법 제64조 제1항).

그러나 이에 대해, 원격진료를 허용하는 내용을 담은 의료법 개정안이 국회에서 통과되지도 않았는데 지도명령권을 발동해서 특정 의료기관에 원격진료를 가능하게 하는 것은 위법하다거나, 또는 위 법조문의 내용이 명확하지 않고 직업의 자유를 침해하는 등 위헌의 소지가 있다는 등의 지적이 있다.

실제로 의료법에서 위 지도명령권의 범위에 특별한 제한을 두지 않고 있는데, 그동안 실무적으로 위 지도명령권이 발동된 경우가 희박해서 그렇지 극단적으로 말하자면 위 조항으로 인해 보건의료의 모든 부분에 무분별하게 지도명령권이 발동될 우려도 없지는 않다.

메르스 사태를 떠나서도 원격의료 도입에 대한 논란은 벌써 몇 년째 보건의료계를 뜨겁게 달구고 있다. 그런 상황에 메르스 사태에 대한 긴급 대책이라고 해 한시적으로 원격진료를 허용한 것은 그 의도가 순수했다고 하더라도 마치 배 밭에서 갓끈을 고쳐 맨 것처럼 오해를 사기에 충분한 일이다. 더욱이 현행 법령에서 허용하지 않는 것을 지도명령권의 일환으로 행사하는 것이 국민 법 감정에 맞지 않는 점도 고려했어야 하는 것이다.

하지만 고위험 환자, 만성질환자, 노약자, 원거리 환자 등 갑작스런 병원 폐쇄로 인해 직접적인 피해를 입는 환자들을 보호하는 차원에서는 원격진료까지는 아니더라도 전화상담 또는 기존 처방을 재사용하게 하는 방법 등 불편을 최소화할 대책을 마련할 필요는 충분히 있다고 본다.