약학정보원(이하 약정원)은 성명서를 통해 "현재 재판 중인 사안을 가지고 대내외적으로 자칫 오도되거나 악용될 가능성이 있는 가운데 약학정보원을 대안없이 비판하는 자리여서 유감스러움을 표한다"며 "누구를 이롭게 하려고 약정원의 사유화니 하는 등의 무책임한 발언을 쏟아내는 것이냐"고 반문했다. 

PM2000의 거취를 두고 약정원의 분리라던가 사단법인의 법인설립 문제의 의구심을 제기했을 때 대한약사회가 이미 ‘전혀 사실이 아니다’는 입장을 밝혔고, 약정원도 부산토론회에 앞서 이와 비슷한 입장을 문서로 상세히 전달한 바 있다는 것. 

이에 약정원은 토론회서 PM2000 관련, 근거 없는 비난과 주장을 일삼았다며 부산시약사회에 책임을 물었다.

또, "케이팜텍 사태는 이전 약정원 집행부가 2008년 계약 당시 실질적인 독점을 부여하면서 일어난 횡포를 현 약정원 집행부가 사업권을 분리하고 어렵사리 소송을 통해 독점구도를 해소한 일"이며 "자동발주시스템 또한 이전 집행부가 크레소티와 팜브릿지 사업계약을 하면서 발전모델을 계약서상에 담아놓은 일을 현 집행부 들어와서 구체적으로 실현하는 과정에 있는 일"이라고 해명했다. 

"계약상 독점권을 부여한 일도 없고 자동발주시스템에 이미 많은 도매상이 입점해 있고 쇼핑몰 역시 독점은 없었다"고 주장했다. 

또한 약정원이 수익 사업에 골몰한다는 주장은  청구프로그램의 30%를 점하고 있는 유비케어사의 약학정보원 대비 수십 배에 달하는 매출과 작년 말 펀드사에 천문학적인 금액으로 인수된 것과 비교하여 설명되어야 한다고 지적했다. 

지난달 PM2000 상에서 1,000명 이상이 참여한 실시간 만족도 조사에서 85%의 고객이 약정원의 서비스에 보통 이상 만족한다는 결과를 얻었다며 근거 없이 서비스가 앙망이라는 비난은 비난을 위한 비난이라고 지적했다.