약국의 부가가치세 신고 시 면세 혜택을 받을 수 있는 방법이 있지만, 많은 약국들이 무심코 지나쳐버리는 수가 많다.

부가가치세는 소비세의 일종으로 소비세란 소비에 대한 담세력(세금을 부담할 수 있는 능력)을 인정해 과세하는 것이다.

소비하는 대부분의 재화·용역에 대해 부가가치세가 과세되나, 일부는 조세정책상 부가가치세법상 면세로 열거돼 있는데 그 중 하나가 약국의 조제매출용역이다.

수원시약사회 자료에 따르면, 약국업종은 부가가치세 과세(일반약 매출)와 면세(조제매출)가 혼용된 형태로 조제매출은 부가가치세 신고와는 무관하다고 생각하는 경우가 있지만 부가가치세 신고서에는 과세매출과 면세매출을 각각 표기해 신고하도록 되어있다.
 
종합소득세에 비해 부가가치세 부담이 상대적으로 적기 때문에 부가가치세 신고를 등한시하기 쉬운데, 부가가치세신고를 통해 약국매출금액과 재고자산의 증감방향이 결정되기 때문에 매우 중요하다.

적정한 매출신고를 위해서는 매입자료의 검토를 통해 재고자산(의약품등)이 처방용인지 비처방용인지 분류하는 것이 첫걸음이 된다.

매출신고금액의 적정성 검토 시 필요한 서류는 청구프로그램의 조제매출내역(총약제비,본인부담금,공단부담금,보험약가, 비보험약가, 보험 조제료, 비 보험조제료가 나오는 자료)과 단말기사용 내역(신용카드 및 현금영수증매출), 거래하는 세무사무실에서 부가가치세신고서 등이다.

이를 통해 면세매출(조제매출)신고금액의 적정성으로 부가가치세 신고서상 면세수입금액(청구프로그램 상 조제매출금액+금연치료약제비매출) 등을 검토하면 된다.

청구프로그램에는 대부분 금연치료약제비매출이 미 포함되어있어 이 경우 국민건강보험공단사이트(요양기관정보마당-요양급여비-금연치료지원-약국금연치료약제비내역에서 따로 출력하여 세무대리인에 제출해야 한다.

국세청은 추후 건강보험공단으로부터 연간지급내역통보서데이터를 제출받아 매출신고 적정성을 검토하여 과소신고 누락혐의가 있을 시 납세자에게 소명안내문을 보내고 있다.
 
당초 부가가치세신고 시 이를 검토하지 못하고 과소신고 하는 경우 추후 종합소득세 정기신고기한이 지나 소명안내문을 통해 수정신고를 하게 된다면, 조제료만 이익으로 신고할 뿐 아니라 약가까지 포함한 총약제비를 이익으로 신고해야하는 불상사가 생기므로 당초 부가가치세신고 시 조제 매출신고에 각별한 주의를 요한다.

매약 매출의 경우, 환자들이 결제한 신용카드 및 현금영수증매출은 국세청에 100% 노출 되는 매출이며, 조제매출 본인부담금범위를 차감한 뒤 남은 신용카드 및 현금영수증 결제금액은 모두 일반약매출로 신고해야할 최소한의 금액이므로, 혹 이보다 적게 일반약 매출을 신고하는 경우가 없는지 검토해야 한다.

이밖에 청구대상이 아닌 비급여조제매출도 청구프로그램에는 입력이 필수이다.  미입력 시 추후 장부상 재고가 계속 증가하는 영향이 있을수 있어 세무당국은 계속적인 재고증가를 매출누락혐의로 분석할 수 있다.

또는 미 입력한 비 급여조제매출을 세무대리인이 일반약매출로 인식하여 부가가치세 과세대상을 과다하게 신고할 수도 있는데, 이 경우 실제보다 과도한 부가가치세를 부담할 수도 있다.

또, 일반의약품이지만 처방전에 의해 나가는 품목은 세금계산서 분류 시 처방으로 분류해야 한다.  만약, 그대로 일반의약품으로 분류하면 청구프로그램 상 매출에는 포함되어 있는데 매입자료가 일반의약품이라 일반약매출로 이중신고 될 여지가 있다.

수원시약사회는 신고 된 부가율이 얼마인지를 세무대리인에게 문의해 상담을 받돌고 권하고 있다.

부가율이란 공제되는 매입세액과 부가가치세 매출세액을 환산한 비율로 과세매출액이 적을수록 장부상 일반의약품 재고가 늘어날수록 부가율은 떨어지는 경향이 있다

이에 부가율이 장기간 낮은 약국은 신고의 적정성을 검토해볼 필요가 있으며, 세무당국은 부가율을 성실신고의 척도로 볼 수도 있어 세금 신고 시 주의를 당부했다.