1934년 보통학교를 졸업한 후 철공소 견습공, 전기상회 쇼리(심부름하는 소년), 정미소 쌀 배달원, 매약행상 등을 거쳐 1941년 5월 23세 때에 그 동안 쌓은 경험과 지식을 토대로 종근당의 모태인 ‘궁본약방’(宮本藥房)을 설립, 약업인으로 큰 뜻을 펼치기 시작했다.

중일전쟁으로 약방 문을 닫았다가 해방이듬해인 1946년 서울 아현동에 ‘종근당약방’을 열어 의약품 도매업을 시작한 이 사장은 1956년 1월 자신의 이름을 딴 종근당제약사로 회사명을 개명하고 “송곳은 끝부터 들어간다”는 근검절약의 정신과 솔선수범의 생활철학을 기업경영에도 그대로 실천해 회사를 나날이 발전시켰다.

이때부터 해외 유수의 제약사들에 눈을 돌려 1958년 덴마크 레오社와 기술제휴로 항생제를 발매해 명문 제약기업으로 도약하는 발판을 굳히는 등 한국 제약산업의 국제화를 추구했다.

1965년 국내 최초로 국제 규모의 대단위 항생제 원료 합성공장을 준공하고, 클로람페니콜과 테트라싸이클린 등 원료의 국산화에 개가를 올렸다. 1968년 FDA로부터 클로람페니콜이 국내 최초로 공인받은 것은 그 같은 노력의 값진 성과물이었다. 

이를 계기로 항생제 해외수출에 나서 900만 달러의 수입대체효과를 거두면서 당시 국내 100대 기업 중 78위에 랭크되는 기염을 토했다.

1966년 한국제약협회의 전신인 대한약품공업협회 부회장을 맡았으며, 1976년에는 회장에 취임해 만 5년 동안 한국 제약산업을 중흥을 일궈내는 데 열과 성을 다했다. 

또 한국의약품수출입협회 이사, 부회장 등을 역임하면서 제약산업의 국제화를 이룩하는 데 기여했다. 50여 차례에 걸친 해외시찰을 통해 선진 제약기술을 국내에 도입하고 이를 바탕으로 의약품 해외수출의 길을 열어놓은 것은 빼놓을 수 없는 그의 업적이다.

이와 함께 1971년 안성유리공업주식회사, 1972년 국내 제약업계 최초로 중앙연구소 설립, 1979년 종근당산업주식회사, 1980년 한국롱프랑로라, 1983년 한국로슈, 1986년 한국그락소 등을 설립해 사세를 확장했다. 

1980년에는 세계에서 4번째로 항결핵제 리팜피신을 발효하는 데 성공해 한국생산성본부로부터 경영력 우수 10대 기업으로 선정되는 영예를 누렸다.

이 사장은 기업의 이윤은 사회에 환원해야 한다는 기업이념에 따라 1987년 사재를 흔쾌히 희사해 고촌학원(高村學園)을 설립, 육영사업에도 힘쓰는 등 자라나는 이 땅의 청소년들을 인재로 양성하는 데 남다른 관심을 기울였다.

이 같은 공로로 이종근 사장은 대통령 표창장, 은탑산업훈장, 한국의 경영자상, 2천만불 수출의 탑, 3천만불 수출의 탑, 국민훈장 목련장 등 화려한 수상경력을 쌓았다.