학계 경영전문가의 '제약 세제지원' 3가지 개선안은?

혁신형기업 기술대여 조세감면·세액공제 초과액 환급·GMP투자 세액공제

기사입력 2019-11-07 14:37     최종수정 2019-11-07 16:06 프린트하기 메일보내기 스크랩하기 목록보기   폰트크게 폰트작게

제약·바이오산업 발전을 위해 혁신형 기업의 기술대여 조세감면, 세액공제 초과액 환급, GMP 개선시설투자 세액공제 10년 이상 장기화 등 정책제안이 제시됐다.

동국대학교 경영대 김갑순 교수는 7일 국회의원회관 제8간담회의실에서 열린 'R&D 지원을 위한 조세제도 개선방안 세미나'에서 발제를 통해 이 같이 밝혔다.

정부가 올해 5월 22일 관계부처 합동으로 바이오헬스 산업 혁신전략을 발표했는데, 바이오헬스에 대한 금융·세제 집중 지원 내용이 포함돼 있었다.

이에 따라 8월 27일 확정된 세법개정안은 신성장·원천기술 연구개발(R&D) 비용 세액공제(30~40%, 대·중견 20~50% ) 및 사업화시설 투자세액 공제 대상 기술에 혁신 성장 관련 기술(바이오베터기술 등)을 추가하고, 세액공제 이월기간 확대(5년→10년), 내국법인의 직·간접적 지배 외국연구기관의 위탁연구비에 대한 세액공제 적용 등 내용이다.

김갑순 교수는 "현행 조세지원제도는 국내 제약바이오산업의 신약개발 전주기에 걸쳐 실질적 지원을 제공하기에는 제한적"이라며 "세계 각국이 국가 차원에서 제공하는 신약개발 지원 수준에 비해 경쟁력이 떨어진다"고 지적했다.

이에 김 교수는 연구를 통해 제약바이오기업의 현행 조세지원제도 이용 현황 등에 대한 조사자료와 해외 사례를 바탕으로 세제지원방안을 제시한 것이다.

연구 주요 내용을 보면, 우선 '특허권 등 기술대여의 과세특례제도'를 제안했다. 혁신형 제약기업의 기술대여 거래에 대한 조세감면 제도를 도입해야 한다는 것.

현재 타 산업의 기술거래 형태와 달리, 제약바이오산업의 기술거래 형태는 대학, 공공연구기관 및 중소기업등으로부터 특허권 등 기술을 제약바이오 대기업이 이전받고 이를 추가 연구개발해 다시 다국적 제약사에게 대여하는 방식이 일반적이다.

그런데 기존 기술대여 거래에 대한 감면제도는 중소기업에만 적용하고 있어 문제가 되고 있다.


한국바이오협회 조사자료 분석 결과, 2011년부터 2019년 5월까지 제약바이오산업의 기술대여거래 총 계약금액에서 대기업이 88.8%를 차지하며, 2015년부터는 95.6%~100% 비중을 나타내고 있다.

유럽의 주요 국가는 지적재산권 등 기술 이전소득과 대여이익에 대해 낮은 세율을 적용하는 특허박스제도를 선제적으로 도입했는데, 대부분 특허박스를 중소기업과 대기업에 차등으로 적용하지 않았다.

특허박스제도를 도입한 유럽 주요국인 벨기에, 프랑스, 아일랜드, 룩셈부르크, 네덜란드, 스페인, 스위스, 영국 등 국가 중 아일랜드와 네덜란드만이 대기업에 일부 엄격한 규정을 적용중이다.

김 교수는 "기술대여거래에 대한 세제 지원을 대기업과 중견기업을 포함한 혁신형 제약기업으로 한정해 실질적으로 국산 신약 연구개발 투자에 집중하는 기업의 기술거래 지원이 이뤄지도록 개선할 필요가 있다"고 말했다.

이에 따라 제안된 조세특례제한법 개정안은 제12조(기술이전 및 기술취득 등에 대한 과세특례)에서 중소기업과 관련된 3항의 단서조항을 신설하는 것이다.

단서조항은 '혁신형 제약기업이 특허권 등을 2021년 12월 31일까지 대여해 발생하는 소득에 대해서도 해당 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 25%에 상당하는 세액을 감면한다'는 내용이다.

'세액공제 초과액 환급제'도 도입도 함께 제안됐다.

제약바이오협회 조사에 따르면, 제약바이오기업당 당기 세액공제를 받지 못하고 차기로 이월되는 세액공제액 차기이월금액이 차지하는 비중은 2013년부터 2018년까지 평균 50.7%이고, 매년 평균 33.1%씩 증가하고 있다.


차기 이월 세액공제액이 큰 폭으로 증가하면서 공제 가능기간이 5년에서 10년으로 연장되더라도 공제받지 못하고 소멸될 세액공제액이 적지 않을 것으로 예상된다는 것이다.

김 교수는 "현행 세액공제액 이월제도는 소득이 발생해 납부할 세액이 존재하는 기업에게 유용한 제도지만, 사업 초기 높은 연구비와 낮은 영업수익으로 결손이 발생하는 작은 규모의 신생 제약바이오 기업이나, 소득수준이 적은 기업은 아무리 많은 세액공제가 있어도 활용 가능성이 낮다"고 지적했다.

이러한 문제를 해결하기 위해서는 재무적으로 어려운 신생 제약바이오기업 등이 실질적 세액공제 효과를 누리기 위해 공제받지 못한 세액공제액을 환급해주는 '세액공제 초과액 환급제도'가 필요하다는 설명이다.

김 교수는 "이월공제제도와 달리 공제 초과액 환급제도는 세제혜택의 즉각적 효과가 발생되기 때문에 제품개발에 막대한 투자비용이 발생하거나 투자자금 조달에 어려움을 겪는 기업(신생 또는 혁식형 기업)에게 실질적 도움을 줘 연구개발 활동을 촉진하는 역할을 수행할 수 있다"고 말했다.

'의약품 품질관리(GMP) 개선시설투자 세액공제 제도의 도입(일몰기간 10년 이상 장기화 또는 영구화)'도 제안됐다. 

현행 세제지원 제도인 '조세특별법 제25조의4 '의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제'는 2007년 도입된 제도로 한미 FTA 타결에 따른 개방 효과를 극대화하고 국내 의약품 품질관리를 선진국 수준으로 강화하기 위해 마련됐다.

신설 당시 세액공제율은 모두 7% 였으나, 현재 대기업은 1%, 중견기업 3%, 중소기업 6%가 적용되고 있으며, 올해 말 일몰 예정이다(3차 일몰 연장).

김 교수는 "2019년 세법개정안에는 기존 의약품 품질관리 개선 시설을 생산성 향상시설로 전환하면서 '의약품 제조 첨단설비'라는 용어를 사용해 공제 설비범위를 축소하는 방향으로 해석될 가능성이 크다"고 문제점을 짚었다.

이어 "문제 해결을 위해서는 '의약품 제조 첨단설비'로 조세특례제한법 시행령을 개정할지라도 관련 시행규칙은 현행 '의약품 품질관리 개선설비'를 유지해 바이오헬스 산업 혁신을 위해 해당 세액공제를 '생산성향상시설 투자세액공제'로 개정한 취지가 훼손되지 않도록 유의해야 한다"고 덧붙였다.

2009년부터 해당 세액공제를 적용받은 기업 현황을 보면, GMP 시설 투자 기업의 수가 증가하는 추세를 보이고 있다.


여기에서 김 교수는 투자세액공제액의 연도별 변화율을 분석해보면서 세액공제제도의 일몰직전연도까지 투자규모가 대폭 감소하고 일몰기한이 연장되며 다시 투자 규모가 늘어나는 현상을 반복하고 있는 현상을 확인했다.

또한 제약바이오협회 조사자료 분석 결과, 제약바이오 기업의 GMP 시설에 대한 투자지출 규모는 2019년 기업 당 평균 122억원, 향후 2022년까지 매년 103~109억원으로 예상되고 있다.

이를 근거로 김갑순 교수는 "제약바이오 산업 내 기업 입장에서 의약품 품질관리 개선시설에 지속적 투자 의사결정을 내리기 위해서는 정부 세제지원에 대한 규모와 지속가능성의 불확실성이 제거돼야 한다"면서 "이를 위해 현행 2~3년 단위 일몰규정을 10년 이상 장기화 또는 영구화 하는 것이 바람직하다"고 강조했다.
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