그러나 복지부는 지난해 시험실시 두 달 전인 11월 17일 한약사시험응시와 관련한 한약관련 과목범위 및 응시기준을 발표했다. 한약사시험 자격을 박탈당한 95·96학번 약대생(현 약사)들이 한약사시험 응시자격을 부여받기 위해 복지부와 국시원을 상대로 헌법소원 및 행정소송을 제기하기에 이르렀고 약대생들의 한약사시험 응시자격 여부는 길고 긴 법정 싸움으로 비화됐다. 복지부가 마련한 이 기준은 한약사 시험관련 법정과목 20개 외에 한약학과 전공과목 71개 과목을 한약관련 과목으로 추가 확정한 것이었다.

　복지부는 약대생들이 한약사시험을 보기 위해서는 추가 확정된 과목을 이수해야 한다고 규정했다.

　그러나 이 같은 복지부의 규정은 한약사 응시원서 접수 10여 일을 앞두고 발표된 것으로 사실상 약대생들의 시험자격을 박탈하는 조치로 약대교수는 물론 약대생들과 학부모들의 거센 반발을 불러일으키기에 충분했다.

　약대생들은 유급불사와 수업거부 단식투쟁을, 약대교수들은 사상 유례없는 교권침해에 대한 항의의 뜻으로 교수직 사퇴결의를 하며 약대생들에게 한약사 시험 응시자격을 부여할 것을 정부에 요청했다.

　그러나 국시원은 약대 95·96학번 약대생들이 법정과목 또는 추가인정과목을 이수하지 못했다는 이유로 이를 가접수했으며, 자체 심사와 한약사 분과시험위원회의 심사를 거쳐 평가, 약대생들이 한약사시험 자격서류가 미흡하다는 데 결론을 내리고 원서를 반려 조치했다.

　현재 이들은 한약사 관련 정책이 학문의 자유를 침해했다는 이유로 헌법재판소에 헌법소원을 제기해 한약사 관련 정부의 정책이 위법을 자행한 것임을 판단해줄 것을 요청했다. 또 국시원이 약대생들의 원서를 반려한 것을 취하해 줄 것을 요청하는 행정소송이 진행중이며 내달 초 1심 판결이 나올 예정이다.

　결국 약대생들이 한약사시험 응시자격을 부여받기 위해서는 복지부가 한약관련정책을 백지화하거나 법정에서 복지부의 정책이 위법이라는 판결이 나오는 경우, 아니면 복지부가 제시한 기준에 따라 한약관련과목을 이수해야 하는 3가지 방법으로 귀결될 수 있다.

　현재 이 3가지 방안 중 법적 압력을 가할 수 있는 법정 판결만이 약대생들의 희생을 최소화하고 약대의 자존감을 지킬 수 있는 해결방안으로 판단되고 있다.
　
한편 최근 한의계가 약대생들에게 한약사 자격 여부에 대해 거센 반론을 제시하고 있는 가운데 지난 25일 발족한 `대한한약사회'내 약대생 출신 한약사들의 입지 마련을 위한 한약사회의 향후 입장의 귀추가 주목된다.